La direction des affaires maritimes délègue à chaque lycée professionnel maritime le montant des crédits nécessaires au paiement des bourses d'études de second degré. Les bourses nationales d'études des lycées professionnels maritimes, la prime au mérite et la prime d'internat sont payables aux bénéficiaires à la fin de chaque trimestre de scolarité et après déduction des frais de pension ou de demi-pension conformément à l'article R. 531-33 du code de l'éducation. La prime d'équipement est payable en une seule fois à la fin du premier trimestre.