L'Agence unique de paiement (AUP) est agréée comme organisme payeur au sens du règlement (CE) n° 1290/2005 pour les paiements qui relèvent de son champ de compétence, à savoir les paiements relatifs :
- au régime de paiement unique prévu par le titre III du règlement (CE) n° 1782/2003 du Conseil du 29 septembre 2003 ainsi qu'au paiement du montant supplémentaire de l'aide prévu à l'article 12 de ce règlement ;
- aux régimes d'aide prévus par le titre IV du règlement (CE) n° 1782/2003 du Conseil du 29 septembre 2003 susvisé, à l'exception de l'aide aux pommes de terre féculières, de la prime aux produits laitiers et paiements supplémentaires, de l'aide au tabac, de l'aide à la surface pour le houblon, des primes aux ovins et caprins et des paiements pour la viande bovine prévues respectivement aux chapitres 6, 7, 10 quater, 10 quinquies, 11 et 12 de ce règlement ;
- aux aides communautaires relatives aux fourrages séchés et aux plantes textiles ;
- aux mesures spéciales en vue de favoriser l'élevage des vers à soie ;
- aux dépenses des programmes de promotion des produits européens dans le marché intérieur et les pays tiers pour tout programme à la demande de l'Etat ;
- à l'action agro-environnementale (mesure f) du plan de développement rural national (PDRN) qui tend à encourager les pratiques rotationnelles incluant du tournesol et limiter les surfaces en sol nu l'hiver (0305 A au sens du plan de développement rural national 2000-2006) et à l'action agro-environnementale de diversification des cultures dans l'assolement (0205 A au sens du plan de développement rural national 2000-2006) lorsque celles-ci ne sont pas mises en oeuvre dans le cadre d'un contrat territorial d'exploitation ou d'un contrat d'agriculture durable ;
- aux mesures du plan de développement rural national (PDRN) relatives au maintien de l'ouverture des espaces à gestion extensive et à la gestion extensive des prairies lorsqu'elles font l'objet exclusif d'un engagement agro-environnemental au sens du décret n° 2003-774 du 20 août 2003 relatif aux engagements agro-environnementaux et fixant les conditions de souscription des personnes physiques et morales.