Les représentants titulaires et suppléants des établissements publics affiliés au centre sont élus, parmi les membres titulaires d'un mandat local des conseils d'administration des établissements publics concernés, au scrutin de liste à la représentation proportionnelle d'après la règle de la plus forte moyenne.
Seuls les présidents des établissements publics affiliés sont électeurs.
Chaque président d'établissement public concerné dispose d'une voix par fonctionnaire titulaire ou stagiaire à temps complet ou à temps non complet affecté dans cet établissement public et en position d'activité auprès de celui-ci, au sens des articles L. 512-1 et L. 512-6 du code général de la fonction publique le premier jour du troisième mois précédant la date du scrutin. Toutefois, ne donnent droit à aucune voix les fonctionnaires qui ne sont pas gérés par le centre de gestion. Le nombre de voix dont dispose chaque président d'établissement public concerné est mentionné sur la liste électorale.