Le directeur de l'Ecole des hautes études en santé publique fixe les modalités du contrôle continu des connaissances qui figure dans le règlement de scolarité. Ce contrôle continu, organisé tout au long des quinze mois de formation initiale, prend la forme d'épreuves individuelles et collectives. Les notes des différentes épreuves sont attribuées par les enseignants de l'Ecole des hautes études en santé publique et notifiées par le directeur aux inspecteurs-élèves.
Lorsque le fonctionnaire stagiaire a été absent pour un motif sérieux à une des épreuves individuelles ou collectives et que l'Ecole n'est pas en mesure d'organiser une nouvelle épreuve, il est attribué au fonctionnaire stagiaire la note correspondant à la médiane des notes obtenues par les autres fonctionnaires stagiaires.