Le comité de déontologie relève des règles de fonctionnement mentionnées à la section 3 du chapitre 3 du Titre III du Livre premier du code des relations entre le public et l'administration.
Les membres du comité veillent à prévenir les situations de conflits d'intérêts dans lesquels ils pourraient se trouver à l'occasion de l'examen d'une demande individuelle dans les conditions prévues au 3° de l'article L. 122-1 du code général de la fonction publique. Ils satisfont à l'obligation de transmission d'une déclaration d'intérêts dans les conditions prévues par l'article R. 122-3 du code général de la fonction publique.
Leurs frais de déplacement sont pris en charge dans les conditions applicables aux fonctionnaires de l'Etat.