Chaque année, dans le cadre de la préparation du budget du Département-Région de Mayotte, le président du conseil économique, social, environnemental, de la culture et de l'éducation élabore un projet portant sur les crédits nécessaires à son fonctionnement et à la réalisation de l'ensemble de ses missions qu'il soumet au président de l'assemblée de Mayotte.
Les crédits nécessaires au fonctionnement du conseil économique, social, environnemental, de la culture et de l'éducation font l'objet d'une inscription distincte au budget de la collectivité territoriale. Ils sont notifiés chaque année, après le vote du budget, au président du conseil, par le président de l'assemblée de Mayotte.