Les dotations régionales fixées dans le délai prévu au troisième alinéa du I de l'article R. 162-30 en application de l'article L. 162-22-4 et des 1° et 2° de l'article L. 162-22-5 n'incluent pas les dotations attribuées au service de santé des armées.
Le protocole prévu à l'article L. 6147-11 du code de la santé publique fixe la liste des objectifs de santé publique et la liste des missions spécifiques et des aides à la contractualisation mentionnées respectivement aux 2° et 3° de l'article L. 162-22-2 qui sont exercées par le service de santé des armées ainsi que les modalités de calcul de leur compensation financière.
Chaque année, l'agence régionale de santé d'Ile-de-France évalue les objectifs de santé publique et les missions spécifiques mentionnées dans ce protocole. Sur cette base, le montant des dotations attribuées au service de santé des armées au titre des 2° et 3° de l'article L. 162-22-2 est arrêté par les ministres chargés de la santé et de la sécurité sociale après avis du ministre de la défense.