La Conférence nationale de santé organise ses travaux au sein des formations suivantes pour répondre aux saisines institutionnelles ou autosaisines inscrites dans le programme de travail de l'instance :
- en assemblée plénière ;
- en commission permanente et de suivi des recommandations ;
- en commission spécialisée dans le domaine des droits des usagers du système de santé ;
- en commission spécialisée dans le domaine de la lutte contre les maltraitances ;
- en groupes de travail spécifiques.