La sous-direction du sauvetage, de la navigation et de la protection du littoral élabore et met en œuvre les normes juridiques relatives à la sécurité de la navigation maritime, aux aides à la navigation, à la circulation maritime, à la recherche et au sauvetage en mer, à l'organisation et à la cohabitation des activités en mer.
Elle participe à l'élaboration et à la mise en œuvre de l'action de l'État en mer, notamment des fonctions garde-côtes française et européenne.
Elle élabore et met en œuvre la réglementation relative au fonctionnement des capitaineries dans les ports où l'Etat exerce l'autorité investie du pouvoir de police portuaire et aux missions relatives à la police du plan d'eau dans les ports, à la police des marchandises dangereuses, ainsi qu'aux formalités déclaratives applicables aux navires, notamment à travers le guichet unique maritime et portuaire.
Elle contribue à la protection du littoral.
Elle élabore, fixe et met en oeuvre la stratégie en matière de lutte contre la pollution du milieu marin et contribue au dispositif POLMAR/ Terre.
Elle comprend le Pôle national d'expertise POLMAR/ Terre tel que mentionné par l'arrêté du 19 août 2020 relatif à l'organisation et aux missions du Pôle national d'expertise POLMAR/ Terre.
Elle exerce la fonction d'affectataire des fréquences pour le domaine port et navigation maritime et fluviale (PNM).
Elle organise, coordonne et contrôle l'activité des centres régionaux opérationnels de surveillance et de sauvetage et de leurs centres nationaux spécialisés, des services du ministère chargés de la signalisation maritime, de la police de l'environnement marin, de la police de la navigation maritime, des capitaineries dans les ports où l'Etat exerce l'autorité investie du pouvoir de police portuaire, et du dispositif de surveillance des affaires maritimes.
Elle a autorité sur le service à compétence nationale dénommé “ armement des phares et balises ”.