L'inspection générale des affaires maritimes est placée sous l'autorité du ministre chargé de la mer. Elle exerce ses missions à la demande du ministre chargé de la mer ainsi que des ministres chargés de la défense, de l'agriculture, de la pêche, de l'environnement et des transports pour l'exercice de leurs attributions dans les domaines de la mer. Le Premier ministre ou le ministre chargé de la mer peut l'autoriser à intervenir à la demande d'autres autorités nationales.
Elle exerce en leur nom une mission d'inspection générale qui porte sur la régularité, la qualité et l'efficacité de l'action des services ayant compétence dans les domaines de la mer, ainsi qu'une mission de conseil pour le fonctionnement des services. Elle s'assure de la régularité des opérations conduites par les personnes que la loi, le règlement ou les stipulations d'une convention placent sous leur tutelle ou leur contrôle. Elle procède aux missions d'expertise, d'étude, d'audit, d'évaluation et de coopération internationale que les ministres lui confient.
Par ses avis et ses rapports, elle concourt à l'élaboration, au suivi et à l'évaluation des politiques publiques, à la gestion des compétences et des ressources publiques, notamment en collaborant au suivi et à l'orientation des cadres et à l'efficacité des services ainsi qu'aux progrès des connaissances et des techniques et à la promotion du développement durable.
Elle concourt au suivi et à l'orientation des administrateurs des affaires maritimes, des officiers du corps technique et administratif des affaires maritimes et des professeurs de l'enseignement maritime.