Le conseil scientifique assure la liaison entre l'enseignement et la recherche.
Il est consulté par le directeur général sur les orientations générales de la recherche menée au sein de l'école, les moyens nécessaires à sa mise en œuvre, la création ou la suppression de structure de recherche, les conventions avec les organismes de recherche, les relations à établir avec les milieux scientifiques nationaux ou internationaux et les demandes d'accréditation à délivrer des diplômes nationaux de troisième cycle.
Il peut être consulté par le conseil d'administration sur les questions mentionnées au 8° de l'article 7.
Le conseil scientifique examine le bilan annuel des activités des structures de recherche et des actions de valorisation de la culture scientifique et technique.
Il est composé de quinze à vingt-cinq membres désignés par le ministre chargé de la mer, après avis du ministre chargé de la recherche, en raison de leurs compétences en matière de recherche dans les disciplines de l'école.
Il comprend également le commissaire général au développement durable du ministère chargé de la mer ou son représentant, le directeur de la recherche ou son représentant et les directeurs de laboratoires de recherche ou leurs représentants.
Le conseil scientifique élit en son sein son président.