Le directeur est assisté par un directeur adjoint nommé par arrêté des ministres chargés des sports et de la mer.
Le directeur adjoint exerce ses fonctions pour une durée de trois ans renouvelable une fois.
Il est choisi, après appel à candidatures publié au Journal officiel de la République française, parmi les personnalités ayant une compétence dans le domaine d'activité de l'établissement, après avis d'une commission constituée chaque fois qu'il y a lieu de pourvoir à cette fonction. La commission est présidée par le directeur de l'établissement. Outre son président, elle comprend au moins le directeur des sports ou son représentant et le directeur général des affaires maritimes, de la pêche et de l'aquaculture ou son représentant.