Lorsque des animaux présentés à l'exportation sont reconnus atteints ou soupçonnés d'être atteints d'une maladie animale réglementée mentionnée à l'article L. 221-1, le certificat d'exportation est refusé pour ces animaux, ainsi que pour tous ceux qui ont été en contact avec eux et qui sont susceptibles de contracter la maladie.
Par dérogation, le certificat d'exportation est délivré lorsque les conditions fixées par un protocole sanitaire conclu avec le pays tiers concerné sont respectées.