Le ministre chargé de l'agriculture peut retirer la qualité de laboratoire national de référence à un laboratoire qui ne respecte pas une ou plusieurs de ses missions ou obligations ou ne satisfait plus aux exigences mentionnées à l'article R. 202-3, ou lorsque celui-ci exerce des missions en lien avec un danger sanitaire qui n'est plus règlementé. Dans cette dernière hypothèse, le ministre en informe le laboratoire six mois avant le retrait effectif.
Si un laboratoire national de référence souhaite mettre fin à l'exercice de ses missions, il en informe le ministre chargé de l'agriculture au moins six mois avant l'arrêt de ses activités.