Le commandant de la gendarmerie de l'armement dispose d'une division de l'emploi, d'une division de l'appui opérationnel, d'un cabinet communication, d'une section de recherches et d'un groupe de protection.
La gendarmerie de l'armement est organisée territorialement en compagnies et pelotons de sûreté et de protection.
Dans l'exercice de ses fonctions, le personnel de la gendarmerie de l'armement reste placé sous l'autorité des chefs hiérarchiques de cette formation.