Le conseil d'administration est présidé par le président du conseil départemental de Mayotte.
Il comprend deux vice-présidents, dont le premier est le représentant de l'Etat désigné par le ministre chargé de l'urbanisme et le second est élu parmi les membres siégeant en qualité de représentant des collectivités territoriales ou de leurs groupements.
En cas de vacance, d'absence ou d'empêchement du président, le conseil d'administration est convoqué et présidé par le premier ou, à défaut, le second vice-président.
Les dispositions de l'article 7 de la loi n° 84-834 du 13 septembre 1984 relative à la limite d'âge dans la fonction publique et le secteur public et celles de l'article R. 321-3-1 du code de l'urbanisme ne s'appliquent pas au président du conseil d'administration.