Le fonds est soumis aux dispositions des titres Ier et III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.
Toutefois, les contributions mentionnées aux articles L. 351-12 et L. 351-15 sont recouvrées dans les conditions fixées par les articles 112 à 124 du décret du 7 novembre 2012 mentionné ci-dessus, le 9° de l'article R. 351-28 ainsi que les 2°, 7° et 9° de l'article R. 351-46 du présent code.
Le fonds met en place une comptabilité analytique permettant d'évaluer ses coûts de gestion.
Des régies de recettes et des régies d'avances peuvent être instituées conformément aux dispositions du décret n° 2019-798 du 26 juillet 2019 relatif aux régies de recettes et d'avances des organismes publics.