Le conseil d'administration de l'établissement est composé en nombre égal :
1° De représentants des collectivités territoriales de Mayotte, dont le président du conseil départemental de Mayotte, le président de l'association des maires de Mayotte et des représentants des communes et de leurs groupements, dans des conditions reflétant les équilibres du territoire ;
2° De représentants de l'Etat.
Le conseil d'administration est présidé par le président du conseil départemental de Mayotte. Le premier vice-président est un représentant de l'Etat. Le second vice-président est élu parmi les membres siégeant en qualité de représentants des collectivités territoriales ou de leurs groupements.
En cas de partage égal des voix, le premier vice-président a voix prépondérante.