Il est institué, auprès du conseil d'administration, un comité d'orientation, chargé d'éclairer le conseil d'administration dans l'élaboration de la stratégie de l'établissement public. Il comprend notamment des représentants du comité de l'eau et de la biodiversité de Mayotte, de la commission d'urgence foncière de Mayotte et du conseil économique, social et environnemental de Mayotte. Sa composition, les modalités de désignation de ses membres et les questions sur lesquelles le conseil d'administration peut le saisir sont fixées par décret en Conseil d'Etat.