Dans l'exercice de sa mission d'évaluation de la sécurité d'un système, l'organisme qualifié est indépendant du maître de l'ouvrage, du maître d'œuvre, du constructeur et de l'exploitant du système de transport qui fait l'objet de la procédure d'autorisation. Lorsque l'autorisation porte uniquement sur un sous-système ou une partie d'un système, l'indépendance s'entend au-regard de ce seul sous-système ou partie de système.
Nul ne peut évaluer tout ou partie d'un système ou un sous-système de transport à la conception, à la réalisation ou à l'exploitation duquel il a participé au cours des cinq années précédentes.