Les collèges thématiques sont des commissions transversales chargées de coordonner les travaux de l'inspection générale de l'environnement et du développement durable dans des domaines relevant de la compétence de plusieurs sections.
Le nombre, la compétence, les conditions de fonctionnement des collèges thématiques ainsi que les modalités de participation à leurs activités des personnels du service et d'autres acteurs concernés sont définis par une décision du chef du service prise après consultation du comité d'orientation.