Le responsable ministériel de la fonction d'audit interne instruit les travaux du comité ministériel d'audit interne. A ce titre, il est notamment chargé :
- de mettre en œuvre les décisions prises par le comité ;
- de proposer au comité le plan d'audit interne de niveau ministériel ;
- d'assurer le secrétariat du comité.
Il est assisté, pour l'exercice de ses fonctions, par la mission ministérielle d'audit interne, placée au sein du contrôle général des armées et dont les attributions et le fonctionnement sont fixés dans sa charte approuvée par le comité ministériel d'audit interne.
Le chef de la mission ministérielle d'audit interne est désigné par le chef du contrôle général des armées parmi les membres du corps militaire du contrôle général des armées.