Election du président
Le président de CY Cergy Paris Université est élu à la majorité absolue des membres en exercice du conseil de site et du conseil d'établissement, réunis en congrès, parmi les enseignants-chercheurs, chercheurs, professeurs ou maîtres de conférences, associés ou invités, ou tous autres personnels assimilés au sens de l'article D. 719-4 du code de l'éducation, sans condition de nationalité. Son mandat est d'une durée de cinq ans. Il expire à l'échéance du mandat des représentants élus des personnels des conseils de site et d'établissement. Il est renouvelable une fois.
Dans le cas où le président cesse ses fonctions, pour quelque cause que ce soit, un nouveau président est élu pour la durée du mandat de son prédécesseur restant à courir.
Sauf en cas d'intérim, les fonctions de président de CY Cergy Paris Université sont incompatibles avec les fonctions de dirigeant exécutif de tout établissement public à caractère scientifique, culturel et professionnel et avec tout mandat exécutif au sein de CY Cergy Paris Université.