Le directeur dirige l'établissement. A ce titre, il exerce notamment les compétences suivantes :
1° Il représente l'établissement en justice et dans tous les actes de la vie civile ;
2° Il prépare et exécute les délibérations du conseil d'administration ;
3° Il prépare et exécute le budget et les décisions modificatives ;
4° Il est ordonnateur des dépenses et des recettes ;
5° Il a autorité sur l'ensemble des personnels de l'école ; il nomme et affecte à tous les emplois et toutes les fonctions pour lesquels aucune autre autorité n'a reçu de pouvoir de nomination ;
6° Il signe les contrats et les conventions engageant l'établissement ;
7° Il s'assure de l'exécution des programmes d'enseignement et des programmes de recherche de l'établissement ;
8° Il élabore le règlement intérieur de l'école ;
9° Il assure le bon fonctionnement de l'établissement, le respect de l'ordre et de la discipline ainsi que la sécurité ;
10° Il peut, sans autorisation préalable du conseil d'administration, accepter provisoirement et à titre conservatoire les dons et legs qui sont faits à l'établissement. L'acceptation définitive des dons et legs est inscrite à l'ordre du jour de la plus prochaine séance du conseil d'administration ;
11° Il peut proposer au conseil d'administration de déléguer ou de transférer certaines des compétences de l'établissement à l'Université Bourgogne Europe.
Pour l'exercice de ses attributions, le directeur peut déléguer sa signature aux agents de l'établissement.