Un conseil aérien et maritime fixe les orientations stratégiques du service et en suit la mise en œuvre. A ce titre, le directeur national garde-côtes rend compte de son action devant lui.
Le conseil connaît de toute question stratégique liée à l'utilisation des moyens maritimes et aériens.
Il est présidé par le directeur général des douanes et droits indirects ou son représentant. Il est composé de représentants des services centraux concernés de la direction générale des douanes et droits indirects et de représentants de la direction nationale du renseignement et des enquêtes douanières. En fonction de l'ordre du jour, le président peut convier des représentants d'autres services à compétence nationale de la direction générale des douanes et droits indirects.
Il se réunit au moins deux fois par an, sur convocation de son président qui fixe l'ordre du jour.