Les comptes financiers de l'université de Besançon et de la communauté d'universités et établissements Université Bourgogne-Franche-Comté relatifs à l'exercice 2024 sont établis par les agents comptables en fonction lors de la suppression de chaque établissement. Ils sont approuvés par le conseil d'administration provisoire ou le conseil d'administration de l'établissement expérimental.