Sur proposition du directoire, tout projet de modification des présents statuts est soumis à l'approbation des établissements fondateurs et des établissements membres et à l'avis des organismes nationaux de recherche liés à la COMUE. L'ensemble de ces structures dispose d'un délai de trois mois à compter de la saisine pour se prononcer.

Le projet est ensuite soumis aux instances consultatives de dialogue social de la COMUE et au sénat académique pour avis, puis au conseil d'administration de la COMUE pour adoption, à la majorité absolue de ses membres statutaires.

Les modifications sont approuvées par décret.