La sous-direction des aléas et des ouvrages hydrauliques développe la connaissance des aléas naturels terrestres et des inondations. Elle définit et met en œuvre la politique de prévention des risques naturels et de réduction de la vulnérabilité, en particulier l'évolution de son cadre réglementaire. Elle définit et met en œuvre la politique et la réglementation en matière de sécurité et de contrôle des ouvrages hydrauliques.
Elle comprend le pôle national de la sécurité des ouvrages hydrauliques.