Le médiateur et les agents du MNE doivent s'abstenir de participer au traitement des affaires et dossiers susceptibles de les placer en situation de conflit d'intérêts (30).
Cette obligation s'applique aux situations objectives dans lesquelles le médiateur ou l'agent a personnellement intérêt à ce qu'un dossier soit traité dans un sens donné dès lors qu'il est susceptible d'en retirer un avantage, pour lui-même ou ses proches. Elle s'applique également aux situations de nature à susciter, pour un observateur extérieur neutre, un doute raisonnable sur les mobiles réels du médiateur ou de l'agent, sur son impartialité ou son indépendance, sans que l'éthique personnelle de ces derniers ne soit nécessairement en cause.
Le médiateur doit donc s'abstenir d'intervenir dans une affaire dans laquelle il a un intérêt. Il en est de même par exemple d'un agent qui serait appelé à participer au choix de l'attributaire d'un marché public de l'institution alors qu'il aurait des intérêts dans l'une des entreprises candidates.
En pareil cas, le médiateur se déporte conformément aux délégations de signature publiées sur l'intranet. Quant aux agents concernés, ceux-ci doivent procéder comme indiqué dans la troisième partie (31).