Sous l'autorité du président, le rapporteur instruit l'affaire par tous les moyens propres à éclairer la juridiction disciplinaire.
Le rapporteur a qualité pour entendre les parties, recueillir tous témoignages et procéder à toutes constatations utiles à la manifestation de la vérité. Il entend, à leur demande, le président ou le directeur de l'établissement d'enseignement supérieur, ainsi que le directeur général du centre hospitalier universitaire d'affectation. Il peut demander aux parties toutes pièces ou tous documents utiles à l'examen du litige. Toute personne citée comme témoin et qui s'estime victime, de la part de la personne poursuivie, des agissements mentionnés aux chapitres Ier et III du titre III du livre Ier du code général de la fonction publique, peut demander à être assistée de la tierce personne de son choix.
Le rapporteur, assisté du secrétariat, dresse un procès-verbal de chaque audition. Il est donné lecture à chaque personne entendue de ses déclarations. Le procès-verbal mentionne les lieux, dates et heures de début et de fin d'audition. Il est signé par le rapporteur, le secrétaire et la personne entendue, ou mention est faite que celle-ci ne peut ou ne veut pas signer. Il est versé au dossier de la procédure.
Pour tenir compte notamment de l'éloignement géographique ou de contraintes professionnelles ou médicales, et à la demande de la personne concernée, le rapporteur peut décider pour son audition d'avoir recours à un moyen de conférence audiovisuelle garantissant la qualité de la transmission et la confidentialité des échanges entre la personne concernée et son conseil.
Le rapport mentionne les diligences accomplies, établit un exposé objectif des faits et donne une opinion sur les solutions qu'appellent le jugement de l'affaire. Il est accompagné des procès-verbaux d'audition des personnes entendues et des constats réalisés.
Le rapport est remis, par voie électronique au moyen d'une application informatique sécurisée, au président et aux membres de la juridiction dans un délai préalablement fixé par le président dans la limite de six mois à compter de la désignation du rapporteur. Ce délai n'est pas prescrit à peine d'irrégularité.
Le président peut ordonner un supplément d'instruction s'il estime que l'affaire n'est pas en état d'être jugée. Dans ce cas, un rapport complémentaire est remis.
Le rapport ainsi, le cas échéant, que le rapport complémentaire sont communiqués par tout moyen conférant date certaine, accompagnés de tout document utile, aux parties au moins quinze jours avant l'audience. Une copie est transmise au président ou au directeur de l'établissement d'enseignement supérieur ainsi qu'au directeur général du centre hospitalier universitaire d'affectation.