Chaque département scientifique est administré par un conseil et dirigé par un directeur élu par ce conseil dans les conditions prévues par le règlement intérieur de l'établissement. Le mandat du directeur et des membres du conseil est de cinq ans.
Les élections au conseil de département ont lieu selon les modalités prévues par le règlement intérieur du département approuvé par le conseil d'administration. Les personnels ne peuvent exercer leur droit de vote ni être élus dans un autre département que leur département de rattachement.
En cas de vacance de la fonction de directeur ou d'un siège au sein du conseil pour quelque cause que ce soit, le remplaçant est désigné pour la durée du mandat restant à courir dans les conditions prévues par le règlement intérieur du département.