L'instruction des demandes d'autorisation d'utilisation d'eau en vue de la consommation humaine, prévue au I de l'article L. 1321-7 du code de la santé publique, est effectuée sous l'autorité du directeur de la médecine des forces, par le vétérinaire des armées territorialement compétent. Lorsque l'eau destinée à la consommation humaine provient d'installations, ouvrages, travaux et activités soumis à autorisation ou déclaration relevant des articles L. 214-1 et suivants du code de l'environnement, l'instruction est effectuée en liaison avec l'inspection des installations classées relevant du ministère de la défense.
Le vétérinaire des armées territorialement compétent, après avoir recueilli l'avis du conseil départemental de l'environnement et des risques sanitaires et technologiques, adresse le dossier au directeur de la médecine des forces. Ce dernier le transmet au directeur des territoires, de l'immobilier et de l'environnement accompagné de son avis.
En cas de risque ou de situation exceptionnels mentionnés au II de l'article R. 1321-7 du code de la santé publique, le directeur de la médecine des forces adresse le dossier de demande d'autorisation assorti de son avis au directeur central du service de santé des armées. Le directeur central du service de santé des armées l'adresse alors au ministre chargé de la santé, qui peut le transmettre pour avis à l'Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail. Le directeur des territoires, de l'immobilier et de l'environnement est informé de ces échanges. Le directeur central du service de santé des armées transmet par la suite au directeur des territoires, de l'immobilier et de l'environnement le dossier accompagné des différents avis.
La décision statuant sur la demande d'autorisation d'utilisation d'eau en vue de la consommation humaine est prise par arrêté du directeur des territoires, de l'immobilier et de l'environnement selon les modalités de l'article R. 1321-8 du code de la santé publique. Cet arrêté est motivé.