Dans chaque antenne, les médecins du travail sont les conseillers des chefs d'organismes, des agents et des représentants du personnel dans les activités mentionnées à l'article 44 du décret du 29 mars 2012 susvisé.
Ils sont chargés de la mise en œuvre des missions définies à l'article R. 4623-1 du code du travail, au bénéfice du personnel civil des organismes du ministère de la défense. Afin d'exercer ces missions, le médecin du travail procède à des examens médicaux et conduit des actions sur le milieu de travail avec les autres membres de l'équipe pluridisciplinaire du service de médecine de prévention.
Les médecins du travail doivent consacrer au moins un tiers de leur temps dans le cadre des actions en milieu de travail qui incluent notamment la participation aux instances consultatives compétentes en matière de santé et de sécurité au travail.
Les missions de la médecine de prévention sont assurées par une équipe pluridisciplinaire de santé au travail qui comprend d'une part les professionnels de santé que sont les médecins du travail, les collaborateurs médecins, les internes en médecine du travail et les infirmiers et d'autre part des intervenants en prévention des risques professionnels.
Le médecin du travail peut confier certaines activités, sous sa responsabilité, aux membres de l'équipe pluridisciplinaire qu'il coordonne, conformément aux articles 11 et 14 du présent arrêté. Les professionnels de santé de l'équipe pluridisciplinaire exercent dans le cadre de protocoles écrits. La circulaire prévue à l'article 38 du présent arrêté précise les conditions de leur réalisation.
Pour les professions dont les conditions d'exercice relèvent du code de la santé publique, ces activités sont exercées dans la limite des compétences respectives des professionnels de santé déterminées par les dispositions de ce code.