Le transport d'animaux entre établissements est planifié entre les titulaires du certificat de capacité ou le responsable zoologique pour les pays autres que la France et les vétérinaires des deux établissements concernés. Il est réalisé, conformément au règlement du 22 décembre 2004 susvisé, après évaluation de l'état de santé de l'animal par le vétérinaire de l'établissement de départ et après avoir obtenu le certificat prévu à cet effet par le règlement du 9 décembre 1996 susvisé.
Il s'effectue à l'aide d'un hamac dans une caisse étanche remplie d'eau du bassin, ouverte sur le dessus et protégée pour que l'animal ne se blesse pas contre les parois. L'eau utilisée pour le transport est de température similaire à celle du bassin dans lequel vivait l'animal.
La durée de transport n'excède pas vingt-quatre heures.
Un vétérinaire est présent durant tout le transport et au moins un soigneur confirmé l'accompagne.