Le pouvoir disciplinaire est exercé par le garde des sceaux, ministre de la justice.
Le premier président de la cour d'appel dans le ressort de laquelle le tribunal mixte de commerce a son siège, assisté du président du tribunal mixte de commerce, procède à l'audition du greffier. A l'issue de cette audition, le ministre de la justice peut être saisi par le premier président ou le procureur général.
Lorsque les fonctions de greffier ont été confiées à une société, celle-ci ne peut faire l'objet de poursuites disciplinaires que si de telles poursuites sont engagées contre un ou plusieurs associés.