Le détail des modalités d'évaluation est fixé annuellement par le programme général d'enseignement.
Les notes sont arrêtées à la fin de chacune des trois périodes de formation, par un conseil pédagogique présidé par le directeur de l'Ecole des commissaires des armées.
Les élèves commissaires valident une période de formation s'ils obtiennent une moyenne égale ou supérieure à 10 sur 20.
Les élèves qui ont validé chacune des trois périodes de formation satisfont aux conditions de scolarité, sauf décision contraire émise après avis d'un conseil d'instruction.