L'Observatoire est doté d'un comité de pilotage dont la mission est de définir son programme de travail annuel à partir des recommandations formulées par le conseil scientifique. Ce programme précise les conditions de réalisation de ces travaux, leurs modalités de publication et l'usage et la propriété des données. Il peut décider d'installer des groupes de travail pour investir des thématiques particulières.
Le comité de pilotage se réunit tous les trimestres avec le conseil scientifique, à titre bénévole et non rémunéré.
Il est composé :
- du directeur de l'Institut national de la jeunesse et de l'éducation populaire (INJEP), qui en assure la présidence ;
- d'un représentant de la direction des sports (DS) ;
- d'un représentant de l'Agence Nationale du Sport (ANS) ;
- d'un représentant de l'Institut national du sport, de l'expertise et de la performance (INSEP) ;
- d'un représentant du Comité national olympique et sportif français (CNOSF) ;
- d'un représentant du Comité paralympique sportif français (CPSF) ;
- d'un représentant de l'Association nationale des élus en charge du sport (ANDES) ;
- d'un représentant de la direction générale des entreprises (DGE) ;
- d'un représentant de l'Autorité de régulation de la communication audiovisuelle et numérique (ARCOM) ;
- d'un représentant du Mouvement des entreprises de France (MEDEF) ;
- d'un représentant de l'Union sport & cycle (USC) ;
- d'un représentant du Conseil social du mouvement sportif (CoSMoS) ;
- d'un représentant de la branche des métiers du sport, désigné par le directeur des sports ;
- d'un représentant du Groupement d'intérêt économique France sport expertise (GIE FSE) ;
- d'un représentant de la délégation interministérielle aux grands événements sportifs (DIGES) ;
- d'un représentant de l'Institut Paris Région ;
- d'un représentant de la direction générale de la Santé (DGS) ;
- d'un représentant des services déconcentrés régionaux (DRAJES), désigné par le directeur des sports ;
- d'un représentant de la direction générale de l'enseignement scolaire (DGESCO) ;
- d'un représentant de la direction générale de l'enseignement supérieur et de l'insertion professionnelle (DGESIP).
Le président de l'Observatoire reçoit du ministre en charge des sports une lettre de mission.