Les programmes d'enseignement de l'institut de formation aux affaires administratives et consulaires sont définis, en lien avec le directeur des français à l'étranger et de l'administration consulaire et le directeur des affaires financières, par le directeur de l'Académie diplomatique et consulaire, dans le cadre du programme pédagogique de l'Académie, après décision de son conseil d'orientation stratégique.