Lorsque le fonctionnaire a bénéficié d'un congé pour maladie ou accident de service d'une durée supérieure à vingt jours, le médecin du service de la médecine professionnelle est obligatoirement consulté par l'autorité dont il relève pour vérifier s'il est apte à reprendre son service.
Lorsque, à l'expiration de la première période de six mois consécutifs de congé de maladie, le fonctionnaire est inapte à reprendre son service, le médecin du service de la médecine professionnelle est saisi pour avis par l'autorité de nomination de toute demande de prolongation de ce congé dans la limite des six mois restant à courir.
Lorsque le fonctionnaire a obtenu pendant une période de douze mois consécutifs des congés de maladie d'une durée totale de douze mois, il ne peut, à l'expiration de sa dernière période de congé, reprendre son service sans l'avis favorable du médecin du service de la médecine professionnelle. En cas d'avis défavorable, il est soit mis en disponibilité, soit reclassé dans un autre emploi, soit, s'il est reconnu définitivement inapte à l'exercice de tout emploi, admis à la retraite après avis de la commission de réforme et du médecin conseil de la caisse de prévoyance sociale de la Polynésie française.
Le fonctionnaire qui, à l'expiration de son congé de maladie, refuse sans motif valable lié à son état de santé l'emploi qui lui est assigné peut être licencié après avis de la commission administrative paritaire.