La sous-direction de la santé des populations et de la prévention des maladies chroniques élabore et conduit la stratégie des politiques publiques en matière de santé des populations et de prévention des maladies chroniques, somatiques transmissibles et non transmissibles, des maladies mentales, ainsi que des maladies à prévention vaccinale. Elle élabore ou participe à l'élaboration des textes législatifs et réglementaires dans ces domaines. Elle participe à l'élaboration et au suivi des actions et des textes européens et internationaux dans ces domaines. Elle assure ses missions en partenariat avec les régimes d'assurance maladie, les professionnels de santé et les associations. Elle s'appuie sur les diagnostics des agences régionales de santé (ARS) auxquelles elle apporte son appui pour la mise en œuvre des stratégies, plans et programmes. A ce titre :
1° Elle fixe les principes de la politique vaccinale et assure la promotion de l'ensemble des mesures réduisant les transmissions de maladies à prévention vaccinale ; elle veille à la détermination des méthodes et des moyens permettant d'améliorer la couverture vaccinale ;
2° Elle propose et veille à la mise en œuvre de stratégies, plans et programmes de santé publique visant à améliorer la santé de la population et, en particulier, des enfants et adolescents, des femmes, des personnes âgées, des personnes en situation de handicap, des populations en situation de précarité ou de vulnérabilité, notamment les personnes privées de liberté, les personnes prostituées et les migrants ;
3° Elle propose et veille à la mise en œuvre de stratégies, plans et programmes de santé publique relatifs, notamment, à la périnatalité, la santé sexuelle et reproductive et la santé bucco-dentaire ;
4° Elle définit les politiques de prévention et de prise en charge des infections sexuellement transmissibles, dont le VIH dans une approche globale de santé sexuelle, des hépatites virales et de la tuberculose ;
5° Elle propose les mesures de santé contribuant à la sécurité routière ;
6° Elle élabore et anime la politique de prévention, de prise en charge et de réduction des risques et des dommages en matière de consommation de substances psycho-actives illicites et licites, notamment de tabac et d'usage nocif d'alcool, ainsi que de conduites addictives ;
7° Elle élabore et veille à la mise en œuvre, en coordination avec les autres directions du ministère et les organismes compétents, des stratégies, plans et programmes de santé publique visant la prévention des maladies non transmissibles, des maladies rares et des maladies liées au vieillissement ; en particulier, elle pilote la politique de prévention du cancer, notamment celle du dépistage organisé des cancers. Elle élabore et veille à la mise en œuvre, en coordination avec les autres directions du ministère et les organismes compétents, des stratégies, plans et programmes de santé publique visant la qualité de vie et l'autonomie des personnes vivant avec une maladie chronique, notamment par l'éducation thérapeutique, la réduction de la douleur, la promotion des soins palliatifs et l'accompagnement de la fin de vie ;
8° Elle participe à l'élaboration et au suivi des politiques relatives à la santé mentale et aux droits des malades atteints de troubles psychiques et mentaux ; elle pilote la politique de prévention du suicide.
9° Elle définit les orientations stratégiques de l'Agence nationale de santé publique et de l'Institut national de lutte contre le cancer, en lien avec les sous-directions concernées. En lien avec la sous-direction de l'appui au pilotage et des ressources, elle prépare le contrat d'objectif et de performance passé avec ces établissements, en suit la mise en œuvre, et assure leur tutelle administrative et financière ;
10° Elle contribue, pour son champ de compétences, à la préparation et à la gestion des crises sanitaires, sous la coordination du centre de crises sanitaires.