La sous-direction de l'appui au pilotage et des ressources conçoit et met en œuvre des politiques transversales d'appui et est chargée de l'ensemble des fonctions de soutien visant à fournir à la direction les ressources nécessaires à ses interventions et à son fonctionnement. Elle élabore ou participe à l'élaboration des textes législatifs et réglementaires dans ces domaines. Elle participe à l'élaboration et au suivi des actions et des textes européens et internationaux dans ces domaines. A ce titre :
1° Elle anime la politique de ressources humaines ; elle est chargée de la gestion de proximité des personnels, des ressources immobilières, bureautiques et de fonctionnement courant de la direction ; elle contribue à la mise en œuvre de la politique des archives ministérielles ;
2° Elle prépare les projets de loi de finances et assure leur suivi et exécution pour ce qui concerne les programmes dont la direction a la responsabilité ou auxquels elle participe ; elle détermine la stratégie d'achat de la direction et assure son pilotage et son suivi ; elle prépare et conduit les procédures de commande publique ;
3° Elle organise la participation de la direction à l'élaboration des projets de loi de financement de la sécurité sociale ainsi qu'à l'élaboration et au suivi des dispositifs contractuels établis avec les organismes de l'assurance maladie ; elle organise les relations avec ces organismes ;
4° En appui aux sous-directions concernées, elle participe à l'élaboration des contrats d'objectifs et de performance passés avec les établissements publics et organismes dont la direction a la responsabilité, ainsi qu'à leur tutelle administrative et financière ;
5° Elle promeut la dimension européenne, internationale et ultramarine dans le traitement des questions de santé publique et de sécurité sanitaire. En collaboration avec les autres services compétents de la direction, elle contribue à la définition de la position française et à l'élaboration des textes au sein des instances européennes et internationales, et coordonne la mise en œuvre de projets et de financements internationaux et européens au bénéfice des politiques de santé publique, notamment en outre-mer. Elle participe aux instances traitant des outre-mer, et assure à ce sujet l'interface de la direction avec les autres partenaires compétents ;
6° Elle assure le secrétariat général du Comité médical supérieur, de la Conférence nationale de santé, du Haut Conseil de santé publique, de la Commission d'accès des personnes nées d'une assistance médicale à la procréation aux données des tiers donneurs, et du comité de veille et d'anticipation des risques sanitaires ;
7° Elle est responsable de la mise en œuvre de la politique de maîtrise des risques, du contrôle interne, de l'audit interne, du contrôle de gestion en liaison avec la direction des finances, des achats et des services ; elle suit la politique de maîtrise des risques déployée dans les agences de sécurité sanitaires ;
8° Elle est l'interlocutrice de la délégation au numérique en santé concernant les sujets numériques transversaux de la direction ;
9° Elle promeut la déontologie et veille au respect de sa mise en œuvre ainsi qu'à la prévention des conflits d'intérêts au sein de la direction, ainsi qu'auprès des établissements publics et organismes qui lui sont rattachés ;
10° Elle contribue, pour son champ de compétences, à la préparation et la gestion des crises sanitaires, sous la coordination du centre de crises sanitaires.