Le comité dispose d'un secrétaire général qui l'assiste dans ses travaux et son action. Il est désigné par le président du comité sur proposition du secrétaire général des ministères chargés des affaires sociales.
Le secrétariat général des ministères chargés des affaires sociales apporte son concours financier et gère les moyens humains et matériels nécessaires au bon fonctionnement du comité.