Le ministère public est exercé sous l'autorité d'un procureur financier dirigeant le ministère public ayant le grade de conseiller président ou, dans les chambres régionales des comptes comportant moins de trois sections, au moins le grade de premier conseiller.
Lorsque plusieurs procureurs financiers sont affectés auprès d'une même chambre régionale des comptes, le procureur financier dirigeant le ministère public est, en cas d'absence, d'empêchement ou de vacance, remplacé par le procureur financier le plus anciennement nommé auprès de la chambre.
Dans les chambres régionales des comptes auprès desquelles est affecté un seul procureur financier, en cas d'absence, d'empêchement ou de vacance de celui-ci, l'intérim du ministère public peut être exercé auprès de la chambre par un procureur financier d'une autre chambre désigné par le procureur général près la Cour des comptes, sous réserve des dispositions applicables dans les régions d'outre-mer.