Le conseil d'orientation est présidé par le directeur général des affaires maritimes, de la pêche et de l'aquaculture ou son représentant.
Outre son président, le conseil d'orientation est composé de :
1° L'inspecteur général des affaires maritimes ou son représentant ;
2° L'inspecteur général de l'enseignement maritime ou son représentant ;
3° Le directeur général des infrastructures, des transports et des mobilités ou son représentant ;
4° Le directeur général adjoint des affaires maritimes, de la pêche et de l'aquaculture, ou son représentant ;
5° Le directeur de l'eau et de la biodiversité ou son représentant ;
6° Le directeur général de l'Ecole nationale supérieure maritime ou son représentant
7° Le secrétaire général du ministère chargé de la mer ou son représentant ;
8° Un directeur interrégional de la mer ou son représentant ;
9° Un directeur régional de l'environnement, de l'aménagement et du logement ou son représentant ;
10° Un directeur départemental des territoires et de la mer ou son représentant ;
11° Trois personnalités désignées en raison de leurs compétences dans le domaine de l'enseignement, de la sécurité maritime et des activités maritimes et portuaires ;
12° Cinq représentants des personnels civils relevant des formations initiales ou continues dispensées par l'école ;
13° Un représentant des personnels militaires relevant des formations initiales ou continues dispensées par l'école ;
14° Deux représentants des élèves ou stagiaires de l'école de formation des affaires maritimes désignés dans les conditions fixées par le règlement intérieur de l'ESPMER.
Le président du conseil d'orientation peut demander à une ou plusieurs personnes de son choix d'assister aux réunions de cette instance. Ces experts ont alors voix consultative.
Le directeur et le directeur adjoint de l'ESPMER ainsi que le personnel nécessaire au secrétariat de l'instance assistent au conseil d'orientation.