L'Ecole du service public de la mer est dotée d'un conseil d'orientation à caractère consultatif. Le conseil d'orientation délibère notamment sur toute question relative à la formation des personnels chargés des questions maritimes du ministère, l'enseignement et l'organisation générale de l'école, au choix et à l'application des méthodes pédagogiques, à l'exception de l'enseignement de l'école d'administration des affaires maritimes.
Le conseil d'orientation reçoit communication du rapport annuel d'activité et de la réalisation des indicateurs du contrat d'objectifs et de performance.