L'Ecole du service public de la mer comporte une direction, des chefs de département et des coordonnateurs pédagogiques.
Elle comprend différents départements d'enseignement.
L'enseignement peut donner lieu à des stages et à des embarquements. Il peut également être assuré dans d'autres établissements d'enseignement, dans le cadre de conventions signées par le directeur de l'école.
L'école peut délivrer des titres et certifications pour lesquels elle est habilitée.
Elle peut également prendre part à des activités de recherche.