L'Ecole du service public de la mer est dirigée par un directeur nommé par arrêté du ministre chargé de la mer. Il occupe les fonctions de commandant de l'école d'administration des affaires maritimes et de directeur de l'école de formation des affaires maritimes.
Le directeur assure le bon fonctionnement, l'ordre et la sécurité de l'école.
Il exerce son autorité sur l'ensemble des personnels.
Il arrête le règlement intérieur de l'école.
Il est assisté, pour l'ensemble de ses attributions, d'un directeur adjoint, nommé par arrêté du ministre chargé de la mer.
Il peut déléguer sa signature au directeur adjoint et aux cadres de l'école dans la limite de leurs compétences.