Le conseil d'administration en exercice à la date de publication des statuts adopte, dans un délai maximum de six mois suivant la publication des statuts, le règlement intérieur de la ComUE Lyon Saint-Étienne.
Le président de l'Université de Lyon organise sans délai après l'adoption du règlement intérieur la désignation des membres du conseil d'administration représentant les établissements membres et associés et les personnalités extérieures de la catégorie n° 3. Il organise les premières élections des membres du conseil d'administration, dans les conditions prévues au présent décret.
Dès que les membres des catégories n° 1, 3, 4, 5 et 6 du conseil d'administration sont désignés ou élus, le président de l'Université de Lyon convoque une réunion pour désigner, à la majorité simple et sur proposition du conseil des membres, les personnalités qualifiées siégeant au titre de la catégorie n° 2. Le président n'assiste ni ne délibère à cette réunion, présidée par le doyen d'âge des membres de la catégorie n° 1.
Dès que l'ensemble des membres du conseil d'administration est désigné ou élu, le président de l'Université de Lyon organise l'élection du prochain président. Il fixe les modalités de l'élection par arrêté et convoque la réunion, présidée par le doyen d'âge des membres de la catégorie n° 1, pour l'élection à la présidence de la ComUE Lyon Saint-Étienne.