La caisse de prévoyance et de retraite du personnel ferroviaire est soumise au contrôle budgétaire de l'Etat dans les conditions prévues par le décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012. Le contrôleur général économique et financier de la caisse transmet ses analyses, avis et rapports aux ministres chargés de l'économie, du budget, des transports et de la sécurité sociale. Les modalités d'exercice de ce contrôle sont fixées par arrêté conjoint de ces ministres.