Les fichiers résultant des appariements opérés, ainsi que les fichiers d'origine communiqués par les services demandeurs, sont détruits après la réalisation des fichiers sollicités et leur transmission aux services demandeurs.
Les appariements opérés font l'objet d'une inscription dans un registre tenu par l'Institut national de la statistique et des études économiques, qui indique pour chacun sa nature, sa finalité, les catégories de données utilisées, l'identité du service pour le compte duquel l'appariement a été effectué, ainsi que les modalités d'exercice du droit d'accès prévu à l'article 49 de la loi du 6 janvier 1978 susvisée. Ce registre est publié sur le site internet de l'Institut national de la statistique et des études économiques, qui publie, en outre, chaque année un bilan des appariements réalisés.